1959年8月，由新海连市科联和新海连市科普协会合并成立连云港市科学技术协会，“文革”期间暂停活动。

1977年12月，通过连云港市第二届科学大会重建第二届委员会，作为市经济委员会的一个科室（科普科）恢复工作。1980年，与市科学技术委员会一套班子两块牌子合署办公。

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